随着经济一体化程度的加强和现代科学技术的飞速发展，越来越红火的物流业已经成为人们关注的一个经济热点，现代物流业务作为企业的"第三利润源"和促进经济发展的"加速器"，对区域经济发展的重要性正越来越受到各级政府的高度重视，发展形势越来越好，随之而来的物流业的税收问题也越来越受到税务部门的重视。而税收作为调节经济的重要杠杆，其政策导向无疑对现代物流业的发展发挥较大的作用。物流税收问题多
　　当前，物流业在我国是一个相对新兴的行业，尽管我国的物流热在不断升温，但还只是刚刚起步，由于物流业税收政策的不明确性和不可操作性，导致多环节重复征税现象，成为制约着物流行业发展的瓶颈。尽管国家发改委与国家税务总局已经开展了物流企业的有关税收试点工作，解决了部分企业的重复纳税和增值税抵扣问题，但在实际操作中税收征管中还存在一些亟待研究的问题。
　　一是表现在物流企业所得税合并纳税方面。当前的税收政策同物流企业发展存在不一致的"步伐"。现在，我国很多物流企业都实行跨区经营和建立物流服务网络，在各地纳税还是由总公司统一纳税的问题成为困扰我国物流企业的首要问题。而我国在税收政策方面实行是分税制，即"分灶吃饭"。有很多物流企业都是在总部所在地统一缴纳所得税，这对于地方政府来说，他们既欢迎物流企业进入本地市场，繁荣地方经济，便利群众生活，又不欢迎物流企业将税款缴纳到总部所在地，这使连锁物流企业在地方的发展处于两难境地。因此，在一定程度影响了连锁物流企业发展。
　　二是表现在物流企业的重复纳税方面。由于现代物流企业发生了大量物流业务外包情况，现行的营业税规定是每发生一次营业行为即视为提供一次应税劳务，就要缴纳一次营业税，物流企业不可避免地重复缴纳营业税。目前对于仓储业务，对于经国家税务总局认定的试点物流企业，在从事仓储分包业务缴纳营业税时，可以扣除支付给合作方的仓储费，按余额申报纳税。但其他大量的非试点
　　物流企业，以及开展的其他与运输紧密
　　相关的服务型收入的外包是不能差额纳
　　税的，存在重复纳税的情况。
　　三是表现在物流企业的发票抵扣问
　　题方面。现在的税收政策规定交通运输
　　业专用发票可以用来抵扣增值税。但是物流企
　　业开展的是一种综合性的运输服务，不仅包括运输，还包括仓储等其他与运输紧密相关的服务。但现行政策规定，物流企业只能就运输收入向客户开运输发票，而其他与运输紧密相关的业务只能开服务业发票，而客户取得服务业发票是无法进行增值税抵扣的。更关键的问题是在于有时运输收入和与之紧密相关的服务收入根本无法划分，而目前政策规定，企业无法准确划分运输收入和其他服务收入的，只能开具服务业发票。这样一来，客户因服务业发票不能用来抵扣增值税进项税额，造成很多物流企业对现行的发票抵扣税收政策存有意见。
　　另外，在实际操作中，很多小型物流企业主要是开展货运配载业务的。配载户一般没有自己的车辆，其业务带有中介服务的性质，但又承担了全部风险，由于服务业发票无法抵扣增值税。税法规定应当由实际发生运输业务的外地车辆开具运输业发票。但是，在业务发生过程中，外地的闲散车辆在运送完货物之后，不可能再返回承运地专程送发票，而托运方又需要货运发票进行抵扣，所以严格按照税法要求该业务就难以正常运作。在现实税收征管中，很多配载户是通过代开票解决发票问题的，但也因此承担了较高的税率，因此对现行税收政策也存有意见。强化管理和服务
　　物流业是一个新兴的服务产业，也是一个微利行业。因此，加强税收管理及税政服务对物流行业的健康发展有着十分重要的影响，如果税收管理及税政服务解决得好，就会有力促进物流产业发展。物流产业的发展不仅仅是物流企业受惠，而且使经济发展受惠。因此，当前在加强现代物流业税收管理及税政服务方面，重点应抓好以下几个方面。
　　一是加强税法宣传，营造一个依法纳税的大环境。应该重视纳税人"知法"问题。物流行业税收难征易漏的根源之一是从业人员不知法，对有关物流行业税收政策不理解，被动纳税。如何才能让物流行业的业户由被动纳税转变为主动纳税？根本的一条路子就是把税法宣传辅导工作做到经常化、精细化，让物流行业的业户真正地懂法，才能达到自觉依法纳税的目的。
　　二是正确把握现代物流的涵义和经营流程。现代物流是集运输、仓储、装卸、加工、整理、配送、信息等为一体的多功能综合服务，运输工具和储藏设施是现代物流企业所必备的基本经营工具。税务部门在实际工作中应准确区分真假物流企业，不要被企业名称中"物流"二字所迷惑，有些冠上物流名称的不一定是物流企业，同时一些没有以物流命名的企业也有可能是真正的物流企业。
　　三是在强化征管措施的同时，要建立起协税护税网络。物流行业的经营涉及到的部门很多，如工商部门、公安交警部门、运输管理部门、城管部门和征费部门等。税务机关可以与这些职能部门建立起信息沟通网络，达到资源优势共享，联手整顿物流市场秩序。只有这样，才能改变目前状况。要积极争取各级政府部门的支持，成立综合治理的专门机构，并明确其各自职责。要在政府的支持、各部门的配合和协同下，健全代扣网络，将税款及时足额征收入库。
　　四是让物流企业真正享受税收利好。为促进现代物流业的发展，解决物流企业反映的税收问题，增强物流企业的竞争力，基层税务部门应积极向上级税务机关陈述试点物流企业税收政策的局限性和不公平性，建议尽快出台物流企业普遍所能享受的税收政策，给物流企业一个公平竞争的税收环境。
　　五是加强日常税源监控管理。飞速发展的电子商务与步履姗姗的税务征管之间的不适应，不仅仅体现在物流一个行业，而是整个国民经济发展与税务征管科技之间的矛盾。科技含量越来越高的物流经济中蕴涵的税源，亟待需要有相应科技含量的税收征管手段来保证。针对政策中出现的一些不完善的因素，加大税务征管信息软件的研发力度。作为税务部门通过跟踪管理和纳税评估等服务措施加强日常税源监控管理工作，规范物流企业的税款征收，严格区分运输业务和仓储业务，把好自开票企业认定、年审关，做好发票管理、税款征收、数据传递、数据比对等的日常税收征管工作，既能够让企业充分享受税收优惠政策，又能够抵制假物流企业钻物流企业的税收政策空子。